Это слово вошло в русский язык в 17 веке и так сложилось исторически, что употреблялось в мужском роде: «кофе», «кофей» и «кофий». Современные словари допускают использование среднего рода и тотальной безграмотностью такая форма уже не является. Но как же так произошло?
«Грамматически заимствованное слово «кофе» соответствует русскому в форме среднего рода - нарицательное, неодушевленное, несклоняемое и с окончанием на гласную. Как шоссе, кашне, - объясняет кандидат филологических наук Людмила Костина. - Лингвисты не в силах намеренно изменить язык. Они могут лишь наблюдать и фиксировать устойчивые закономерности. Языковая система живая, искусственному вмешательству не поддается! Народ, носитель языка, сам определяет, как ему говорить. В том, что кофе среднего рода, как раз и «виновата» система употребления.
Словари идут за словами, а не наоборот. Норма вообще понятие относительное. Известный фонетист Марина Калинчук предсказывает, что скоро в словарях появится «звОнит» с ударением на первый слог, потому что большинство говорит именно так! И этот переход - от «звонИт» к «звОнит» соответствует тенденциям системы. Говорили «варИт» - теперь «вАрит», «курИт», а теперь «кУрит». Общество подбирает слова, как одежду. Норма - это наш выбор. Но надо помнить и о том, что свобода выбирать налагает и требования. Важно обладать языковым чутьем, мимикрией. Изменять свою речь в зависимости от ситуации. Разговор на кухне с другом - одно, а на официальных переговорах - другое».